16 Ene New metagenomic procedure for the investigation of the eukaryotes present in the digestive gland of Mytillus galloprovincialis
La acuicultura de mejillones es una de las más importantes en Europa, con un alto nivel de autosuficiencia. En España, la principal especie cultivada es M. galloprovincialis, cuya producción se lleva a cabo principalmente en Galicia. En esa región, existe una etiqueta de Denominación de Origen Protegida para certificar la alta calidad del producto y su sostenibilidad. Esta especie también está presente en otras regiones, lo que complica el control de su trazabilidad. Para distinguir los mejillones gallegos de los demás, los eucariotas presentes en su glándula digestiva podrían ser una herramienta útil. Sin embargo, para utilizarlos como biomarcadores, es esencial contar con un protocolo adaptado para recuperar la diversidad presente en la glándula digestiva. En este trabajo, hemos seleccionado un nuevo protocolo para optimizar el estudio de la diversidad de eucariotas asociados con la glándula digestiva de M. galloprovincialis. Este protocolo se basa en una combinación de un pretratamiento y un kit comercial de extracción de ADN, la amplificación de ADN con dos juegos de cebadores recién diseñados para evitar el ADN del mejillón, y el uso de secuenciación de nueva generación. Los resultados mostraron una reducción significativa de la amplificación del ADN del mejillón y una calidad de ADN suficiente para la secuenciación posterior, aumentando el número de secuencias recuperadas de otros eucariotas. Este nuevo protocolo ofrece entonces una buena oportunidad para determinar la diversidad de eucariotas presentes en la glándula digestiva de M. galloprovincialis, y puede ser utilizado en estudios futuros para examinar la variación estacional de las especies presentes y evaluar su potencial como herramienta de trazabilidad geográfica.
Mussels’ aquaculture is one of the most important cultures in Europe, with a high level of self-sufficiency. In Spain, the main cultivated species is M. galloprovincialis, whose production takes place primarily in Galicia. In that region, a Protected Designation of Origin certification exists to certify the high quality of the product and its sustainability. This species is also present in other regions making the control of its traceability complicated. In order to distinguish Galician mussels from the others, the eukaryotes present in its digestive gland could be a useful tool. However, to use them as biomarkers, having an adapted protocol to recover the diversity present in the digestive gland is essential. In this work, we have selected a new protocol to optimize the study of the diversity of eukaryotes associated with the digestive gland of M. galloprovincialis. This protocol is based on a combination of a pre-treatment and a commercial DNA extraction kit, the amplification of DNA with two newly designed primer sets to avoid the DNA from the mussel, and the use of next-generation sequencing. The results showed a significant reduction of mussel DNA amplification and enough DNA quality for the subsequent sequencing, increasing the number of sequences recovered from other eukaryotes. This new protocol offers then a good chance to determine the diversity of eukaryotes present in the digestive gland of M. galloprovincialis, and it can be used in future studies to examinate the seasonal variation of the present species and to evaluate its potential as geographical traceability tool.
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